Corri para esse problema com o Visual Studio Code instalando o pylint a partir do prompt do VS Code. Consegui superar o problema abrindo o diretório de instalação do Anaconda e executando
pip install pylint
O VS Code ficou satisfeito, mas isso não resolveu o problema como em execução
& C:/Users/happy/Anaconda3/python.exe -m pip install -U pylint
praticamente deu o mesmo erro, então parece que o VS Code não consegue acessar os módulos python.
Observe que o VS Code pega o primeiro env python que ele vê quando instalado, na parte inferior esquerda da tela indica qual env está sendo usado. Clicar nessa área permite definir o ambiente. Portanto, mesmo se você executou a instalação do pip para um ambiente, o VS Code poderia estar olhando para outro.
A melhor abordagem foi garantir que o código VS tivesse o ambiente python correto selecionado e que o mesmo ambiente estivesse no PATH do sistema (em Propriedades do sistema -> Avançado -> Variáveis ambientais)
Sob a variável de caminho, edite e navegue até o diretório Anaconda específico que você deseja que o VSCode use e inclua no PATH, eu precisava adicionar o seguinte:
C:\Users\happy\Anaconda3\
C:\Users\happy\Anaconda3\Scripts\
C:\Users\happy\Anaconda3\Library\bin\
C:\Users\happy\Anaconda3\Library\mingw-w64\bin\
O diretório de instalação do Anaconda pode ser diferente. Uma observação é que o Windows não tem a variável PATH em vigor até você reiniciar o terminal. Nesse caso, feche e reative o código VS. Se estiver usando um Terminal ou Shell PS, feche e reabra e verifique o Path para garantir que ele esteja incluído.