Para comparar T1 (PK, A, B) e T2 (PK, A, B).
Primeiro compare os conjuntos de chaves primárias para procurar valores de chave ausentes em qualquer um dos lados:
SELECT T1.*, T2.* FROM T1 FULL OUTER JOIN T2 ON T1.PK=T2.PK WHERE T1.PK IS NULL OR T2.PK IS NULL;
Em seguida, liste todos os valores incompatíveis:
SELECT T1.PK, 'A' AS columnName, T1.A AS leftValue, T2.A AS rightValue FROM T1 JOIN T2 ON T1.PK=T2.PK WHERE COALESCE(T1.A,0) != COALESCE(T2.A,0)
UNION ALL
SELECT T1.PK, 'B' AS columnName, T1.B AS leftValue, T2.B AS rightValue FROM T1 JOIN T2 ON T1.PK=T2.PK WHERE COALESCE(T1.B,0) != COALESCE(T2.B,0)
A e B devem ser do mesmo tipo. Você pode usar o ESQUEMA DE INFORMAÇÕES para gerar o SELECT. Não se esqueça de COALESCE para incluir também os resultados IS NULL. Você também pode usar FULL OUTER JOIN e COALESCE (T1.PK, 0) = COALESCE (T2.PK, 0).
Por exemplo, para colunas do tipo varchar:
SELECT concat('SELECT T1.PK, ''', COLUMN_NAME, ''' AS columnName, T1.', COLUMN_NAME, ' AS leftValue, T2.', COLUMN_NAME, ' AS rightValue FROM T1 JOIN T2 ON T1.PK=T2.PK WHERE COALESCE(T1.',COLUMN_NAME, ',0)!=COALESCE(T2.', COLUMN_NAME, ',0)')
FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
WHERE TABLE_NAME='T1' AND DATA_TYPE IN ('nvarchar','varchar');