Uma desvantagem ocorre se seus URLs forem visualizados fora do contexto de uma página da web. Por exemplo, uma mensagem de e-mail em um cliente de e-mail (por exemplo, Outlook) efetivamente não tem URL e, quando você está visualizando uma mensagem que contém uma URL relativa ao protocolo, não há contexto óbvio de protocolo (a própria mensagem é independente do protocolo usado para buscá-lo, seja POP3, IMAP, Exchange, uucp ou o que for), para que o URL não tenha um protocolo com o qual seja relativo. Não investiguei a compatibilidade com clientes de email para ver o que eles fazem quando são apresentados a um manipulador de protocolo ausente - acho que a maioria adivinhará http. O Apple Mail se recusa a permitir que você insira um URL sem um protocolo. É análogo ao modo como os URLs relativos não funcionam no email por causa de um contexto igualmente ausente.
Problemas semelhantes podem ocorrer em outros contextos não HTTP, como em tweets, mensagens SMS, documentos do Word etc.
A explicação mais geral é que URLs de protocolo anônimo não podem funcionar isoladamente; não deve ser um contexto relevante. Em uma página da Web típica, é bom extrair uma biblioteca de scripts dessa maneira, mas todos os links externos sempre devem especificar um protocolo. Eu tentei um teste simples: //stackoverflow.com
mapeia file:///stackoverflow.com
em todos os navegadores em que tentei, para que eles realmente não funcionem sozinhos.