Adicionando um pouco mais de informação:
O jQuery implementa "encadeamento de métodos", o que significa que você pode encadear chamadas de métodos no mesmo elemento. No primeiro caso:
$("#mycontent").append(html).fadeIn(999);
você aplicaria a fadeInchamada ao objeto que é o alvo da cadeia de métodos, nesse caso #mycontent. Não é o que você quer.
Na (ótima) resposta do @ icktoofay você tem:
$(html).hide().appendTo("#mycontent").fadeIn(1000);
Basicamente, isso significa criar html, defini-lo como oculto por padrão, anexá-lo #mycontente inseri-lo em seguida . O destino da cadeia de métodos agora é em hmtlvez de #mycontent.