Se apenas reiniciar o Xcode e o iPhone não ajudar, verifique seus perfis de provisionamento. Shift-Command-2 traz isso de dentro do Xcode. Você pode então selecionar o dispositivo e perfis de provisionamento dentro dele. Excluir seus perfis (o meu tinha várias entradas semelhantes criadas pelo Xcode) e reiniciar o Xcode e o iPhone resolve o problema.
Se o seu aplicativo for um aplicativo de fundo, você precisará excluí-lo manualmente antes de implantar a nova versão. Por exemplo, digamos que você tenha um aplicativo compatível com iBeacon e marque-se como um consumidor secundário do Bluetooth Low Energy, então o sistema operacional mantém alguns registros do seu aplicativo, mesmo quando ele não está em execução. Este registro não é devidamente apagado quando uma nova versão é implantada (iOS 7.0.4). Isso causará o erro relatado, bem como travará o protocolo de depuração e implantação no aparelho. O fone precisará ser reiniciado.
Um hack para contornar o problema é alterar o id do pacote do seu aplicativo para algo que o telefone não viu. Em seguida, ele é implantado no aparelho como um aplicativo recém-visto, evitando problemas de referências ao aplicativo antigo.