Na frente .. Sou um colaborador do Hudson e autor do livro do Hudson, mas não participei de toda a divisão dos projetos.
De qualquer forma, aqui está o meu conselho:
Confira os dois e veja o que melhor se adapta às suas necessidades.
Hudson concluirá a migração para ser um dos projetos Eclipse de nível superior ainda este ano e conseguiu vários desenvolvedores em tempo integral, controle de qualidade e outros que trabalham no projeto. Ele ainda está forte e tem muitos usuários e, por ser o servidor de CI padrão no Eclipse, continuará atendendo às necessidades de muitos desenvolvedores de Java. Observando o roteiro e os planos para o futuro, você pode ver que após a integração do Maven 3 concluída com a versão 2.1.0, vários outros recursos interessantes estão à frente.
http://www.eclipse.org/hudson
Jenkins, por outro lado, conquistou muitos usuários originais do Hudson e possui uma grande comunidade de usuários em várias tecnologias e também tem um monte de desenvolvedores trabalhando nisso.
Nesse estágio, os dois servidores de CI são ótimas ferramentas a serem usadas e, dependendo das suas necessidades em termos de tecnologia para integrar-se a um ou outro, pode ser melhor. Ambos os produtos estão disponíveis como código aberto e você pode obter suporte comercial de várias empresas para ambos.
De qualquer forma .. se você ainda não estiver usando um servidor de IC .. comece agora com qualquer um deles e verá enormes benefícios.
Atualização em janeiro de 2013: Após um longo processo de limpeza de IP e outras melhorias, o Hudson 3.0 como o primeiro release aprovado da Eclipse Foundation está disponível.