Usei com sucesso jquery, YUI e Dojo em diferentes projetos django. Não há nada sobre qualquer um que o tornou melhor para usar especificamente com django. Eu concordo com o jpartogy que mochikit pode caber em django mais do que qualquer outro apenas por causa da API "pythônica" (parecida com torcida). Realmente depende do que você está procurando em uma estrutura ajax.
Pessoalmente, gosto do que o jQuery pode fazer com determinadas quantidades de código, mas o maior desafio em escrever código jQuery é torná-lo legível.
YUI é muito mais detalhado do que outras estruturas porque define uma convenção para o uso de namespaces, mas existem atalhos para escrever menos código e evita tentar fazer o javascript se parecer com outra coisa.
O Dojo tenta fazer com que o javascript se pareça com Java e, pela minha experiência, é muito lento. Ele tem alguns widgets legais e uma implementação javascript da linguagem de modelos django (que é muito útil mesmo fora dos projetos django).
Eu pessoalmente evito protótipo e mootools porque eles podem quebrar outro código javascript (ou vice-versa).
Se você é novo em javascript e ajax, eu recomendo jQuery porque é o mais fácil de começar. Mas não espero que nenhum framework js seja integrado ao django, principalmente porque realmente não há necessidade disso.