Eu também tinha o Java Perspective ativado e isso ainda não estava funcionando. Meu eclipse estava formatando apenas arquivos CSS e HTML, mas não arquivos JAVA.
Então, localizei esta resposta que explica isso:
Você deve adicionar o Java Facet ao projeto para permitir que as classes Java sejam detectadas pelo formatador Eclipse
Em seguida, você deve verificar PROJECT-PROPERTIES-PROJECT FACETS
e ativar a faceta Java para o projeto:

E, clicando com o botão direito do mouse, PACKAGE-EXPLORER
você encontrará a opção SOURCE - FORMAT, e também formatará os arquivos Java.
Cuidado, verifique se é o explorador de pacotes, e não o Explorador de Projetos (clique em Window-Show View-PackageExplorer)
