Tentei desinstalar excluindo-o, mas a AppStore ainda achava que estava instalado. Excluí alguns arquivos de preferências em meu diretório / private, o que fez a AppStore "esquecer" que eu tinha instalado o Xcode. Usei o seguinte comando:
sudo find / -iname '*xcode*' 2> /dev/null | egrep '^/private.*' | xargs -I file sudo rm -rfv file
Que excluiu os seguintes arquivos do meu computador:
/private/var/db/receipts/com.apple.pkg.XcodeMAS_iOSSDK_6_1.bom
/private/var/db/receipts/com.apple.pkg.XcodeMAS_iOSSDK_6_1.plist
/private/var/folders/7d/n34963zx62s7znxyzn3dn6bh0000gq/C/com.apple.Xcode.503/CachedSpecifications-Xcode
/private/var/folders/7d/n34963zx62s7znxyzn3dn6bh0000gq/C/com.apple.Xcode.503/CachedSpecifications-xcodebuild
/private/var/folders/7d/n34963zx62s7znxyzn3dn6bh0000gq/C/com.apple.Xcode.503
Não sei para que servem esses arquivos, mas fez com que a AppStore esquecesse que estava instalado, o que era o que eu precisava que acontecesse. No meu caso, a AppStore não estava permitindo que eu atualizasse para a nova versão do Xcode.