Não tenho certeza do que está acontecendo aqui, mas às vezes um arquivo específico em meu repositório muda a caixa do seu nome. por exemplo,:
antes: File.h
depois de: file.h
Eu realmente não me importo por que isso está acontecendo, mas isso faz com que o git pense que é um novo arquivo, e então eu tenho que mudar o nome do arquivo de volta. Você pode simplesmente fazer o git ignorar as mudanças de maiúsculas e minúsculas?
[editar] Suspeito que seja o Visual Studio fazendo algo estranho com aquele arquivo em particular, porque parece acontecer com mais frequência quando eu o abro e salvo após alterações. Não tenho como consertar bugs no VS entretanto, mas o git deve ser um pouco mais capaz, espero.