Acabei de ter uma experiência interessante usando o Xcode 6.3.
Também continuei recebendo esse erro, apesar de tentar tudo que você normalmente pensaria sobre ortografia, associação de destino etc., conforme sugerido acima. Também tentei limpar, excluir dados derivados e também excluir o aplicativo do simulador várias vezes para garantir que o pacote estava sendo construído corretamente, mas sem sucesso.
Finalmente, seguindo a resposta de Brian Michael Bentley, eu finalmente decidi inspecionar meu arquivo .app na pasta do meu simulador no meu HD. Descobri que todos os meus nibs estavam lá, mas com um abc ~ ipad.nib em vez do abc.nib esperado. Eu renomei manualmente todos esses arquivos para remover a parte ~ ipad, construí e funcionou!
Tentando ver por que eles foram anexados com a palavra-chave ~ ipad, olhei as configurações do meu projeto e, de fato, na minha guia Geral> Informações de implantação, eu tinha apenas o iPad selecionado. Eu estava tentando rodar em um simulador de iPhone. Acredito que, no passado, o Xcode dava um erro indicando que o binário não era compatível com o iPhone e você não conseguiria executar o aplicativo.
Excluí o aplicativo do simulador e fiz a mesma coisa novamente - novamente com suporte apenas para iPad. Desta vez, o .app continha abc ~ iphone.nib E abc ~ ipad.nib para cada storyboard esperado e funcionou perfeitamente no simulador do iPhone. Novamente - se escolhermos iPad apenas em nossas configurações de Informações de implantação, ele não deve ser executado no iPhone Simulator. Este é um bug do Xcode.
Portanto, há algum comportamento inconsistente aqui por parte do Xcode e, infelizmente, é um bug intermitente e pode ser difícil de reproduzir, mas coloquei isso aqui para que possa ajudar outros no futuro.