Existem duas abordagens para isso. Sempre que possível, eu começaria com uma pasta limpa para o seu novo diretório de trabalho do git e depois copiaria sua versão das coisas mais tarde. Isso pode parecer algo como *:
mv $dir $dir.orig
git clone $url $dir
rsync -av --delete --exclude '.git' $dir.orig/ $dir/
rm -rf $dir.orig
Nesse ponto, você deve ter uma cópia de trabalho bastante limpa com sua pasta de trabalho anterior como o diretório de trabalho atual, para que quaisquer alterações, incluindo exclusões de arquivos, apareçam no radar se você executar git status .
Por outro lado, se você realmente deve fazer o contrário, pode obter o mesmo resultado com algo assim:
cd $dir
git clone --no-checkout $url tempdir
mv tempdir/.git .
rmdir tempdir
git reset --mixed HEAD
De qualquer forma, a primeira coisa que eu faria é executar algo como git stash obter uma cópia de todas as suas alterações locais, depois você poderá reaplicá-las e trabalhar com as quais deseja se comprometer.
* Ambos os exemplos pressupõem que você comece no shell no diretório pai do seu projeto.