O algoritmo de resolução de conflitos do Kdiff3 é realmente impressionante.
Mesmo quando o subversion indica um conflito, o Kdiff3 o resolve automaticamente. Existem versões para Windows e Linux com a mesma interface. É possível integrá-lo ao Tortoise e ao seu shell linux.
Está na lista do meu software de código aberto favorito. Uma das primeiras ferramentas que instalo em qualquer máquina.
Você pode configurá-lo como a ferramenta diff padrão no Subversion, Git, Mercurial e ClearCase. Ele também resolve quase todos os conflitos do ClearCase. No Windows, ele possui uma ótima integração com o Windows Explorer: selecione dois arquivos e clique com o botão direito do mouse para compará-los ou clique com o botão direito do mouse para 'salvar em um arquivo posterior' e, em seguida, selecione outro para comparar.
O arquivo mesclado é editável. Possui atalhos de teclado lisos.
Você também pode usá-lo para comparar e mesclar diretórios. Vejo:
Um recurso avançado é usar expressões regulares para definir mesclagens automáticas.
Meu único incômodo é que é um pouco difícil compilar se não estiver presente no seu repositório de distribuição favorito.