Aqui está um bom artigo do MDC, que explica os problemas (e soluções) para formar o preenchimento automático. A Microsoft publicou algo semelhante aqui também.
Para ser honesto, se isso é algo importante para seus usuários, 'quebrar' os padrões dessa maneira parece apropriado. Por exemplo, a Amazon usa um pouco o atributo 'preenchimento automático' e parece funcionar bem.
Se você deseja remover completamente o aviso, use o JavaScript para aplicar o atributo aos navegadores que o suportam (IE e Firefox são os navegadores importantes) usando someForm.setAttribute( "autocomplete", "off" ); someFormElm.setAttribute( "autocomplete", "off" );
Por fim, se seu site estiver usando HTTPS, o IE desativará automaticamente o preenchimento automático (como outros navegadores, até onde eu saiba).
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Como essa resposta ainda recebe alguns votos positivos, eu só queria salientar que no HTML5, você pode usar o atributo 'preenchimento automático' no elemento do formulário. Veja a documentação no W3C para isso.