Recentemente, usei o Raphael e o jQuery SVG - e aqui estão os meus pensamentos:
Rafael
Prós: uma boa biblioteca inicial, fácil de fazer muitas coisas com o SVG rapidamente. Bem escrito e documentado. Muitos exemplos e demonstrações. Arquitetura muito extensível. Ótimo com animação.
Contras: é uma camada sobre a marcação SVG real, dificulta a execução de coisas mais complexas com SVG - como agrupamentos (suporta conjuntos, mas não grupos). Não funciona muito bem com edição de elementos já existentes.
jQuery SVG
Prós: um plug-in jquery, se você já estiver usando o jQuery. Bem escrito e documentado. Muitos exemplos e demonstrações. Suporta a maioria dos elementos SVG, permite acesso nativo a elementos facilmente
Contras: arquitetura não tão extensível quanto Rafael. Algumas coisas podem ser melhor documentadas (como configure o elemento SVG). Não funciona muito bem com edição de elementos já existentes. Confia na semântica SVG para animação - o que não é tão bom.
SnapSVG como uma versão SVG pura do Raphael
SnapSVG é o sucessor de Raphael. Ele é suportado apenas nos navegadores habilitados para SVG e suporta quase todos os recursos do SVG.
Conclusão
Se você está fazendo algo rápido e fácil, Raphael é uma escolha fácil. Se você for fazer algo mais complexo, optei por usar o jQuery SVG porque posso manipular a marcação real significativamente mais fácil do que com o Raphael. E se você deseja uma solução não-jQuery, o SnapSVG é uma boa opção.