Isso aconteceu comigo e a única maneira era reinstalar o SourceTree 3.2.1, pelo menos até que o bug de atualização fosse corrigido pelo Atlassian. Não posso reclamar, é uma ótima ferramenta e é gratuita, mas isso foi chato. Estou sempre um pouco apreensivo em atualizar software que faço, muito menos em outra pessoa!
Aqui está a página de download, você pode instalar versões mais antigas, sugiro 3.2.1, o que funciona muito bem! https://www.sourcetreeapp.com/download-archives
Seguindo: Estou no Windows e pelo menos na minha instância para fazê-lo funcionar, tudo o que fiz foi:
- Fechar SourceTree
- Faça o download do 3.2.1 no link acima
- Execute o instalador
Então abri o SourceTree e ele reverteu a versão por si só e não tive mais problemas desde então. Eu espero que isso ajude!