Aqui está uma tentativa de fazer isso o mais vetorizado possível,
i1 <- names(unlist(l, TRUE, TRUE))
#[1] "a.a1" "a.a2" "a.a3" "a.b1" "a.b2" "a.b3" "a.c1" "a.c2" "a.c3" "b.a1" "b.a2" "b.a3" "b.b1" "b.b2" "b.b3" "b.c1" "b.c2" "b.c3" "c.a1" "c.a2" "c.a3" "c.b1" "c.b2" "c.b3" "c.c1" "c.c2" "c.c3"
i2 <- names(split(i1, gsub('\\d+', '', i1)))
#[1] "a.a" "a.b" "a.c" "b.a" "b.b" "b.c" "c.a" "c.b" "c.c"
Agora podemos dividir i2
tudo antes do ponto, o que dará,
split(i2, sub('\\..*', '', i2))
# $a
# [1] "a.a" "a.b" "a.c"
# $b
# [1] "b.a" "b.b" "b.c"
# $c
# [1] "c.a" "c.b" "c.c"
Para limpá-los totalmente, precisamos fazer um loop e aplicar uma regex simples,
lapply(split(i2, sub('\\..*', '', i2)), function(i)sub('.*\\.', '', i))
que dá,
$a
[1] "a" "b" "c"
$b
[1] "a" "b" "c"
$c
[1] "a" "b" "c"
O código compactado
i1 <- names(unlist(l, TRUE, TRUE))
i2 <- names(split(i1, gsub('\\d+', '', i1)))
final_res <- lapply(split(i2, sub('\\..*', '', i2)), function(i)sub('.*\\.', '', i))