Respostas:
Você tem sua barra para trás, deveria ser "\n"
for pair in zip(A, B):
print ">"+'\n'.join(pair)
Todas as três maneiras que você pode usar para caractere de nova linha:
'\n'
"\n"
"""\n"""
\né uma sequência de escape, denotada pela barra invertida. Uma barra normal, como /nnão fará o trabalho. Em seu código, você está usando em /nvez de \n.
Além disso, se estiver tornando-o um programa de console, você pode fazer: print(" ")e continuar seu programa. Achei a maneira mais fácil de separar meu texto.
\n. Esse era o problema