Primeiro, observe que eu não usei nenhum deles (mas usei o Node.js.).
Ambas as bibliotecas estão bem documentadas e possuem uma API estável. No entanto, persistence.js parece ser usado em mais projetos . Eu não sei se todos eles ainda o usam.
Às vezes, o desenvolvedor do sequelize blogs sobre o assunto no blog.depold.com . Quando você quiser usar chaves primárias como chaves estrangeiras, precisará do patch descrito nesta postagem do blog . Se você quiser ajuda para o persistence.js, existe um grupo do Google dedicado a ele.
A partir dos exemplos, concluo que sequelizar é um pouco mais parecido com JavaScript (mais açúcar) do que persistance.js, mas tem suporte para menos datastores (apenas MySQL, enquanto persistance.js pode até usar armazenamentos no navegador).
Eu acho que sequelar pode ser o caminho a seguir, pois você só precisa do suporte ao MySQL. No entanto, se você precisar de alguns recursos convenientes (por exemplo, pesquisa) ou quiser usar um banco de dados diferente posteriormente, precisará persistence.js.