Use o projeto de instalação do Visual Studio. O projeto de instalação pode incluir automaticamente a instalação do .NET Framework em seu pacote de instalação:
Aqui está meu passo a passo para o aplicativo de formulários do Windows:
Crie um projeto de instalação. Você pode usar o Assistente de configuração.

Selecione o tipo de projeto.

Selecione a saída.

Clique em Concluir.
Abra as propriedades do projeto de instalação.

Optou por incluir o framework .NET.

Projeto de configuração de compilação
Verifique a saída

Observação: os projetos do Visual Studio Installer não são mais pré-compactados com o Visual Studio. No entanto, no Visual Studio 2013, você pode baixá-los usando:
Tools > Extensions and Updates > Online (search) > Visual Studio Installer Projects