Eu tive o mesmo problema, e para piorar, eu estava rebasando três commits, e depois de resolver conflitos no segundo commit, eu "fiz commit" ao invés de "rebase --continue".
Como resultado, tive este reflog git
Quando apliquei a solução de kirikaza, acabei de reverter o terceiro commit, e não o segundo, o que era problemático.
Como você pode ver, o rebase começa por um checkout do remotes / origin / master branch e então aplica meus três commits que aparecem como as três operações anteriores (antes do checkout) no reflog.
Então, se você deseja reiniciar de uma base limpa, antes do rebase, você pode simplesmente redefinir totalmente para o hash antes do check-out da operação de rebase. No meu caso (veja a foto):
git reset --hard 859ed3c
Então você pode começar um novo git rebase.