É muito fácil para um disco usar um grande número de inodes, mesmo que o disco não esteja muito cheio.
Um inode é alocado para um arquivo, portanto, se você tiver zilhões de arquivos, todos com 1 byte cada, ficará sem inodes muito antes de ficar sem disco.
Também é possível que a exclusão de arquivos não reduza a contagem de inodes se os arquivos tiverem vários links físicos. Como eu disse, os inodes pertencem ao arquivo, não à entrada do diretório. Se um arquivo tiver duas entradas de diretório vinculadas, a exclusão de uma não liberará o inode.
Além disso, você pode excluir uma entrada de diretório, mas, se um processo em execução ainda tiver o arquivo aberto, o inode não será liberado.
Meu conselho inicial seria excluir todos os arquivos que você puder e, em seguida, reinicie a caixa para garantir que nenhum processo seja deixado mantendo os arquivos abertos.
Se você fizer isso e ainda tiver um problema, informe-nos.
A propósito, se você estiver procurando os diretórios que contêm muitos arquivos, este script pode ajudar:
#!/bin/bash
# count_em - count files in all subdirectories under current directory.
echo 'echo $(ls -a "$1" | wc -l) $1' >/tmp/count_em_$$
chmod 700 /tmp/count_em_$$
find . -mount -type d -print0 | xargs -0 -n1 /tmp/count_em_$$ | sort -n
rm -f /tmp/count_em_$$