Como posso organizar um número arbitrário de ggplots usando grid.arrange?


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Esta é uma postagem cruzada no grupo ggplot2 google

Minha situação é que estou trabalhando em uma função que produz um número arbitrário de gráficos (dependendo dos dados de entrada fornecidos pelo usuário). A função retorna uma lista de n gráficos, e eu gostaria de colocá-los em uma formação 2 x 2. Estou lutando com os problemas simultâneos de:

  1. Como posso permitir que a flexibilidade seja entregue a um número arbitrário (n) de parcelas?
  2. Como posso também especificar que quero eles dispostos 2 x 2

Minha estratégia atual usa grid.arrangedo gridExtrapacote. Provavelmente não é o ideal, especialmente porque, e essa é a chave, não funciona totalmente . Aqui está meu código de amostra comentado, experimentando três gráficos:

library(ggplot2)
library(gridExtra)

x <- qplot(mpg, disp, data = mtcars)
y <- qplot(hp, wt, data = mtcars)
z <- qplot(qsec, wt, data = mtcars)

# A normal, plain-jane call to grid.arrange is fine for displaying all my plots
grid.arrange(x, y, z)

# But, for my purposes, I need a 2 x 2 layout. So the command below works acceptably.
grid.arrange(x, y, z, nrow = 2, ncol = 2)

# The problem is that the function I'm developing outputs a LIST of an arbitrary
# number plots, and I'd like to be able to plot every plot in the list on a 2 x 2
# laid-out page. I can at least plot a list of plots by constructing a do.call()
# expression, below. (Note: it totally even surprises me that this do.call expression
# DOES work. I'm astounded.)
plot.list <- list(x, y, z)
do.call(grid.arrange, plot.list)

# But now I need 2 x 2 pages. No problem, right? Since do.call() is taking a list of
# arguments, I'll just add my grid.layout arguments to the list. Since grid.arrange is
# supposed to pass layout arguments along to grid.layout anyway, this should work.
args.list <- c(plot.list, "nrow = 2", "ncol = 2")

# Except that the line below is going to fail, producing an "input must be grobs!"
# error
do.call(grid.arrange, args.list)

Como estou acostumado a fazer, humildemente me encolho no canto, aguardando ansiosamente o feedback sagaz de uma comunidade muito mais sábia do que eu. Especialmente se estou tornando isso mais difícil do que o necessário.


2
Parabéns por uma pergunta MUITO bem feita. Vou usar isso como um exemplo de como escrever uma boa pergunta SO [r].
JD Long

1
especialmente a parte "humildemente amontoada" - nada como um bom rastejar :-)
Ben Bolker

@JD e @Ben - Estou lisonjeado, pessoal. Atenciosamente. E eu realmente agradeço a ajuda.
briandk

Respostas:


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Você está quase lá! O problema é que do.callespera que seu args esteja em um listobjeto nomeado . Você os colocou na lista, mas como cadeias de caracteres, não como itens nomeados da lista.

Eu acho que isso deve funcionar:

args.list <- c(plot.list, 2,2)
names(args.list) <- c("x", "y", "z", "nrow", "ncol")

como Ben e Joshua apontaram nos comentários, eu poderia ter atribuído nomes quando criei a lista:

args.list <- c(plot.list,list(nrow=2,ncol=2))

ou

args.list <- list(x=x, y=y, z=x, nrow=2, ncol=2)

1
Eu mudei o código algumas vezes. Desculpe pelas edições. Faz sentido agora? Quando eu disse que eles eram um vetor antes, falei mal. Me desculpe por isso.
JD Long

2
Você pode nomear os argumentos durante a criação da lista:args.list <- list(x=x, y=y, z=x, nrow=2, ncol=2)
Joshua Ulrich

2
Não exatamente. O seu tem o comprimento adequado. A estrutura da sua lista é diferente da estrutura da lista do JD. Use str () e nomes (). Todos os elementos da sua lista não têm nome, portanto, para que o tenha do.callsucesso, seria necessário haver correspondência posicional exata.
IRTFM

2
@JD Long; Eu concordo sinceramente. E mesmo que isso não evite todos os erros, você ainda obterá mensagens de erro e traceback()informações muito melhores se usar argumentos nomeados.
IRTFM

1
Não acompanho bem a discussão aqui; uma vez que o primeiro argumento para grid.arrange()é a ...correspondência posicional, é provavelmente irrelevante. Cada entrada deve ser um objeto de grade (com ou sem nome), um parâmetro nomeado para grid.layoutou um parâmetro nomeado para os argumentos restantes.
baptiste

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Tente isto,

require(ggplot2)
require(gridExtra)
plots <- lapply(1:11, function(.x) qplot(1:10,rnorm(10), main=paste("plot",.x)))

params <- list(nrow=2, ncol=2)

n <- with(params, nrow*ncol)
## add one page if division is not complete
pages <- length(plots) %/% n + as.logical(length(plots) %% n)

groups <- split(seq_along(plots), 
  gl(pages, n, length(plots)))

pl <-
  lapply(names(groups), function(g)
         {
           do.call(arrangeGrob, c(plots[groups[[g]]], params, 
                                  list(main=paste("page", g, "of", pages))))
         })

class(pl) <- c("arrangelist", "ggplot", class(pl))
print.arrangelist = function(x, ...) lapply(x, function(.x) {
  if(dev.interactive()) dev.new() else grid.newpage()
   grid.draw(.x)
   }, ...)

## interactive use; open new devices
pl

## non-interactive use, multipage pdf
ggsave("multipage.pdf", pl)

3
version> = 0.9 of gridExtra fornece marrangeGrob para fazer tudo isso automaticamente sempre que nrow * ncol <length (plotagens)
baptiste

5
ggsave("multipage.pdf", do.call(marrangeGrob, c(plots, list(nrow=2, ncol=2))))
baptiste

4

Estou respondendo um pouco tarde, mas tropecei em uma solução no R Graphics Cookbook que faz algo muito semelhante usando uma função personalizada chamada multiplot. Talvez ajude outros que encontrarem esta questão. Também estou adicionando a resposta, pois a solução pode ser mais recente do que as outras respostas a esta pergunta.

Vários gráficos em uma página (ggplot2)

Aqui está a função atual, embora use o link acima, pois o autor observou que ela foi atualizada para ggplot2 0.9.3, o que indica que pode mudar novamente.

# Multiple plot function
#
# ggplot objects can be passed in ..., or to plotlist (as a list of ggplot objects)
# - cols:   Number of columns in layout
# - layout: A matrix specifying the layout. If present, 'cols' is ignored.
#
# If the layout is something like matrix(c(1,2,3,3), nrow=2, byrow=TRUE),
# then plot 1 will go in the upper left, 2 will go in the upper right, and
# 3 will go all the way across the bottom.
#
multiplot <- function(..., plotlist=NULL, file, cols=1, layout=NULL) {
  require(grid)

  # Make a list from the ... arguments and plotlist
  plots <- c(list(...), plotlist)

  numPlots = length(plots)

  # If layout is NULL, then use 'cols' to determine layout
  if (is.null(layout)) {
    # Make the panel
    # ncol: Number of columns of plots
    # nrow: Number of rows needed, calculated from # of cols
    layout <- matrix(seq(1, cols * ceiling(numPlots/cols)),
                    ncol = cols, nrow = ceiling(numPlots/cols))
  }

 if (numPlots==1) {
    print(plots[[1]])

  } else {
    # Set up the page
    grid.newpage()
    pushViewport(viewport(layout = grid.layout(nrow(layout), ncol(layout))))

    # Make each plot, in the correct location
    for (i in 1:numPlots) {
      # Get the i,j matrix positions of the regions that contain this subplot
      matchidx <- as.data.frame(which(layout == i, arr.ind = TRUE))

      print(plots[[i]], vp = viewport(layout.pos.row = matchidx$row,
                                      layout.pos.col = matchidx$col))
    }
  }
}

Um cria objetos de enredo:

p1 <- ggplot(...)
p2 <- ggplot(...)
# etc.

E então os passa para multiplot:

multiplot(p1, p2, ..., cols = n)
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