A resposta que eu daria é que um arquivo keystore é para se autenticar com qualquer pessoa que esteja perguntando. Não se restringe apenas a assinar arquivos .apk, você pode usá-lo para armazenar certificados pessoais, assinar dados a serem transmitidos e toda uma variedade de autenticação.
Em termos do que você faz com ele no Android e provavelmente o que você está procurando desde que mencionou a assinatura de apk, é o seu certificado. Você está marcando seu aplicativo com suas credenciais. Você pode marcar vários aplicativos com a mesma chave; de fato, é recomendável usar um certificado para marcar vários aplicativos que você escreve. É mais fácil acompanhar quais aplicativos pertencem a você.
Não sei ao certo o que você quer dizer com implicações. Suponho que isso signifique que ninguém, exceto o titular do seu certificado, possa atualizar seu aplicativo. Isso significa que, se você o liberar, perder o certificado usado para assinar o aplicativo, não poderá liberar atualizações; portanto, mantenha esse certificado seguro e com backup, se necessário.
Mas, além de assinar os aplicativos para liberá-los, você pode usá-lo para autenticar seu dispositivo em um servidor via SSL, se desejar, (também relacionado ao Android), entre outras funções.