A arquitetura de camada N geralmente possui cada camada separada pela rede. Ou seja, a camada de apresentação está em alguns servidores da Web; depois, ele conversa com servidores de aplicativos de back-end pela rede para obter lógica de negócios; depois, com um servidor de banco de dados, novamente pela rede, e talvez o servidor de aplicativos também chame alguns serviços remotos ( diga Authorize.net para processamento de pagamentos).
MVC é um padrão de design de programação em que diferentes partes do código são responsáveis por representar o Model, View e controller em algum aplicativo. Essas duas coisas estão relacionadas porque, por exemplo, a camada Modelo pode ter uma implementação interna que chama um banco de dados para armazenar e recuperar dados. O controlador pode residir no servidor da web e chamar remotamente appservers para recuperar dados. O MVC abstrai os detalhes de como a arquitetura de um aplicativo é implementada.
A camada N refere-se apenas à estrutura física de uma implementação. Esses dois às vezes são confusos porque um design MVC geralmente é implementado usando uma arquitetura de camada N.