Eu estava enfrentando os mesmos problemas inicialmente. Depois de seguir o livro Wrox Professional ASP.NET 4.0, encontrei a seguinte solução para o meu caso.
Primeiro criei um novo aplicativo da web. Copiou todos os arquivos do site para a pasta do aplicativo da web. Clique com o botão direito do mouse no aplicativo e clique em converter para aplicativo da web.
Você pode perguntar por que precisa converter um aplicativo da web em um aplicativo da web. A resposta é que, ao criar um site, você simplesmente codifica o arquivo .cs onde for necessário. Um aplicativo da web, entretanto, declara .design.cs (ou .vb) e um arquivo .cs para o código e a seção de design automaticamente.
A SEGUIR: Remova todas as referências manuais, como o atributo 'Inherits' na diretiva PAGE, para outros arquivos em seu site, uma vez que os namespaces IRÃO cuidar de referenciar as classes centralmente.
Também enfrentei um problema, pois não incluí a pasta OBJ e BIN em meu projeto. Se você acha que está faltando as pastas BIN e OBJ, basta clicar no ícone 'Mostrar todos os arquivos' no Gerenciador de Soluções e, a seguir, clicar com o botão direito nas pastas ausentes e adicionar ao projeto. (para garantir que eles compilem com o projeto.)
ATUALIZAÇÃO:
Como @deadlychambers aponta nos comentários: Você pode pesquisar em qualquer lugar fazendo "Ctrl + Shift + F" e depois pesquisar Inherits="(.*?)"
. Isso encontrará todas as ocorrências e provavelmente economizará algum tempo!