Eu fiz meu primeiro commit; então criou uma ramificação (digamos branch1).
Neste ramo, criei um diretório 'exemplo' e confirmei. No GitHub, vejo meu novo ramo e o novo diretório 'exemplo' que adicionei.
Agora eu me pergunto como posso 'sincronizar' de volta ao mestre; e a pasta 'exemplo' foi excluída (como ela não existe no mestre).
EDIT: find . -type d -empty -exec touch {}/.gitignore \;
fez o trabalho.