A maneira mais fácil é usar o pip para gerar um arquivo de requisitos. Um arquivo de requisitos é basicamente um arquivo que contém uma lista de todos os pacotes python que você deseja instalar (ou já instalou no caso de arquivo gerado pelo pip) e em quais versões eles estão.
Para gerar um arquivo de requisitos, entre no virtualenv original e execute:
pip freeze > requirements.txt
Isso irá gerar o arquivo requirements.txt para você. Se você abrir esse arquivo no seu editor de texto favorito, verá algo como:
Django==1.3
Fabric==1.0.1
etc...
Agora, edite a linha que diz Django==x.x
para dizer Django==1.3
(ou qualquer versão que você deseja instalar em seu novo virtualenv).
Por fim, ative seu novo virtualenv e execute:
pip install -r requirements.txt
E o pip fará o download e instalará automaticamente todos os módulos python listados no seu arquivo requirements.txt , nas versões que você especificou!