Basicamente, como afirma a pergunta ... a ordem das funções do LINQ é importante em termos de desempenho ? Obviamente, os resultados ainda teriam que ser idênticos ...
Exemplo:
myCollection.OrderBy(item => item.CreatedDate).Where(item => item.Code > 3);
myCollection.Where(item => item.Code > 3).OrderBy(item => item.CreatedDate);
Ambos retornam os mesmos resultados, mas estão em uma ordem LINQ diferente. Sei que reordenar alguns itens resultará em resultados diferentes, e não estou preocupado com isso. Minha principal preocupação é saber se, ao obter os mesmos resultados, o pedido pode impactar o desempenho. E, não apenas nas 2 chamadas LINQ que fiz (OrderBy, Where), mas em quaisquer chamadas LINQ.
var query = myCollection.OrderBy(item => item.Code).Where(item => item.Code == 3);
.