Acredito que isso aqui http://flask.pocoo.org/docs/deploying/uwsgi/ é uma boa resposta para esclarecer a confusão. A questão não é boba, acontece a qualquer um que veja os dois termos e não tenha informações anteriores sobre como as coisas funcionam fora do mundo mod_PHP (por exemplo, nada contra php ou pessoas)
O site explica em termos práticos o que é necessário e qual é a diferença, além de ser um bom exemplo de implantação do nginx.
Para sua conveniência, a explicação do wiki Flask é citada aqui:
uWSGI é uma opção de implantação em servidores como nginx, lighttpd e cherokee; consulte FastCGI e contêineres WSGI autônomos para outras opções. Para usar seu aplicativo WSGI com o protocolo uWSGI, você precisará primeiro de um servidor uWSGI. uWSGI é um protocolo e um servidor de aplicativos; o servidor de aplicativos pode servir aos protocolos uWSGI, FastCGI e HTTP.
O servidor uWSGI mais popular é o uwsgi, que usaremos neste guia. Certifique-se de que ele está instalado para acompanhar.