Sei que isso está um pouco fora de pista, mas tenho usado o Swiffy para converter o Flash em um jogo interativo em HTML5 e me deparei com o mesmo problema de rolagem, mas não encontrei soluções que funcionassem.
O problema que tive foi que o estágio Swiffy estava ocupando a tela inteira; assim, assim que foi carregado, o evento touchmove do documento nunca foi acionado.
Se eu tentasse adicionar o mesmo evento ao contêiner Swiffy, ele seria substituído assim que o palco fosse carregado.
No final, eu o resolvi (de maneira bastante confusa) aplicando o evento touchmove a cada DIV dentro do palco. Como esses divs também estavam em constante mudança, eu precisava continuar verificando-os.
Esta foi a minha solução, que parece funcionar bem. Espero que seja útil para qualquer pessoa que tente encontrar a mesma solução que eu.
var divInterval = setInterval(updateDivs,50);
function updateDivs(){
$("#swiffycontainer > div").bind(
'touchmove',
function(e) {
e.preventDefault();
}
);}