Eu sou novo no Git e no GitHub e tinha a mesma pergunta que o OP.
Encontrei uma solução que provavelmente não estava disponível no momento do OP.
Situação: você tem três alterações e deseja que cada uma seja construída com base na anterior e que cada uma tenha sua própria solicitação de recebimento (PR).
Problema: Quando você cria o primeiro PR que tenta puxar o desenvolvimento para mestre, tudo fica bem, mas depois de fazer as alterações para o segundo PR e mesclá-las (usando a mesma ramificação), todas as alterações estão no mesmo PR .
Mini solução: Crie uma nova ramificação
git branch mini_change_2
git checkout mini_change_2
Agora você envia o código para o GitHub e cria o PR, mas o padrão é Pull de mini_change_2 para master, exceto que o master ainda não possui as alterações do primeiro PR, portanto inclui todas as alterações do PR1 e PR2.
Melhor solução: especifique em qual filial você está mesclando no PR2.
Não aceite apenas os padrões ao criar o segundo PR, digamos que você vá puxar mini_chnage_2 para Develop, isso mostrará apenas as alterações em mini_change_2
Agora crie uma nova ramificação mini_change_3 e PR para mini_change_3.
O problema surge quando você começa a mesclá-los ... mas esse é um exercício diferente.