OK, acho que consegui encontrar um fluxo de trabalho que o levará de volta para onde você precisa estar (como se você não tivesse feito o pop).
FAÇA UM BACKUP ANTES !! Não sei se isso funcionará para você, então copie todo o seu repositório, caso não funcione.
1) Corrija os problemas de mesclagem e corrija todo o conflito, selecionando todas as alterações que vêm do patch (no caso de emergências, isso aparece como um.REMOETE (deles)).
git mergetool
2) Confirme essas alterações (elas já serão adicionadas pelo comando mergetool). Dê a ele uma mensagem de confirmação de "mesclagem" ou algo que você se lembre.
git commit -m "merge"
3) Agora você ainda terá as alterações locais sem estágio que você iniciou originalmente, com uma nova confirmação do patch (podemos nos livrar disso mais tarde). Agora confirme suas alterações sem etapas
git add .
git add -u .
git commit -m "local changes"
4) Inverta o patch. Isso pode ser feito com o seguinte comando:
git stash show -p | git apply -R
5) Confirme essas alterações:
git commit -a -m "reversed patch"
6) Livre-se dos consertos de patch / unpatch
git rebase -i HEAD^^^
disso, remova as duas linhas com 'mesclar' e 'patch invertido'.
7) Recupere suas alterações sem alterações e desfaça o commit das 'alterações locais'
git reset HEAD^
Eu o examinei com um exemplo simples e o leva de volta para onde você quer estar - imediatamente antes do stash ser exibido, com as alterações locais e com o stash ainda disponível para pop.