A resposta aceita não funciona no Jupyter (pelo menos ao usar algumas bibliotecas).
As soluções Javascript aqui ocultam apenas os avisos que já estão sendo exibidos, mas não os que seriam mostrados no futuro.
Para ocultar / exibir avisos no Jupyter e JupyterLab, escrevi o seguinte script que basicamente alterna o css para ocultar / exibir avisos.
%%javascript
(function(on) {
const e=$( "<a>Setup failed</a>" );
const ns="js_jupyter_suppress_warnings";
var cssrules=$("#"+ns);
if(!cssrules.length) cssrules = $("<style id='"+ns+"' type='text/css'>div.output_stderr { } </style>").appendTo("head");
e.click(function() {
var s='Showing';
cssrules.empty()
if(on) {
s='Hiding';
cssrules.append("div.output_stderr, div[data-mime-type*='.stderr'] { display:none; }");
}
e.text(s+' warnings (click to toggle)');
on=!on;
}).click();
$(element).append(e);
})(true);