Você mencionou o mais comumente implementado, que é a Lista de Adjacências:
https://blogs.msdn.microsoft.com/mvpawardprogram/2012/06/25/hierarchies-convert-adjacency-list-to-nested-sets
Também existem outros modelos, incluindo caminho materializado e conjuntos aninhados:
http://communities.bmc.com/communities/docs/DOC-9902
Joe Celko escreveu um livro sobre esse assunto, que é uma boa referência de uma perspectiva geral do SQL (isso é mencionado no link do artigo do conjunto aninhado acima).
Além disso, Itzik Ben-Gann tem uma boa visão geral das opções mais comuns em seu livro "Por dentro do Microsoft SQL Server 2005: consulta T-SQL".
As principais coisas a considerar ao escolher um modelo são:
1) Frequência da mudança de estrutura - com que frequência a estrutura real da árvore é alterada. Alguns modelos fornecem melhores características de atualização da estrutura. É importante separar as alterações de estrutura de outras alterações de dados. Por exemplo, você pode modelar o organograma da empresa. Algumas pessoas modelarão isso como uma lista de adjacência, usando o ID do funcionário para vincular um funcionário ao supervisor. Geralmente, essa é uma abordagem abaixo do ideal. Uma abordagem que geralmente funciona melhor é modelar a estrutura organizacional separada dos próprios funcionários e manter o funcionário como um atributo da estrutura. Dessa forma, quando um funcionário sai da empresa, a estrutura organizacional em si não precisa ser alterada, apenas a associação com o funcionário que saiu.
2) A árvore é pesada para gravação ou leitura - algumas estruturas funcionam muito bem ao ler a estrutura, mas incorrem em sobrecarga adicional ao gravar na estrutura.
3) Quais tipos de informações você precisa obter da estrutura - algumas estruturas se destacam por fornecer certos tipos de informações sobre a estrutura. Os exemplos incluem encontrar um nó e todos os seus filhos, encontrar um nó e todos os seus pais, encontrar a contagem de nós filhos que atendem a determinadas condições etc. Você precisa saber quais informações serão necessárias a partir da estrutura para determinar a estrutura que melhor se adequará suas necessidades.