Você criou 'Distribuição' ou configuração semelhante para criar arquivos Ad-Hoc e App Store? Como muitos outros, segui as recomendações da Apple e apelidei de configuração 'Release', chamei de 'Distribuição' e defini diferentes regras de assinatura. Bem, talvez essa tenha sido uma recomendação antes que eles introduzissem esquemas e a opção "Distribuir" no Organizer.
Então eu tive o mesmo problema com os pods. Tudo funcionou bem ao depurar, mas o arquivamento falhou com erro de link. Depois de tentar isso e que mudei a configuração de arquivo morto do meu projeto original de 'Distribuição' para 'Release' e o erro de link desapareceu.
No entanto, o arquivo não apareceu no Organizer, embora eu pudesse localizá-lo no sistema de arquivos, mas tinha tamanho 0.
A etapa final para corrigir tudo isso foi alterar a configuração "Ignorar instalação" da configuração 'Liberar' para "NÃO". Observe que você deve fazer isso apenas no projeto principal, mas não no projeto Pods. Melhor deixar o projeto do Pods como está, pois ele é gerado toda vez que você executa o 'pod install'.
Atualização
Acabei de receber uma resposta do CocoaPods devs
Parece que não funciona para mim, pois eu tinha a configuração do Pods definida corretamente. Mas isso poderia ajudar outra pessoa.