Tanto quanto eu sei, você não pode.
Mas usando alguns eletrônicos muito simples, você pode. A opção mais simples e direta é usar 2 pinos GPIO como entrada (um para cada fonte de alimentação).
Conecte as duas fontes de alimentação (além da conexão normal para realmente fornecer a energia) através de alguns resistores (para segurança e ajuste do nível de tensão !!) a esses pinos GPIO.
No software, você acabou de ler os dois pinos. Se os dois forem '1' (5V ou 3,3V), ambas as fontes de alimentação estão funcionando bem. Se um desses pinos de entrada for '0', a fonte de alimentação conectada será desligada e você poderá executar as ações apropriadas em seu software.
Estão disponíveis mais variações, nesta versão muito básica, que usam apenas um pino de entrada GPIO, mas os componentes eletrônicos externos necessários se tornarão um pouco mais complexos.
Nota: O fornecimento de energia pelo GPIO apresenta alguns riscos porque o fusível de estado sólido é ignorado; portanto, pelo menos você precisará usar alguma proteção contra falta de energia na conexão da fonte de alimentação alternativa.
Este pequeno esquema abaixo deve fazer o trabalho, você precisará de dois deles (um para cada fonte de alimentação)
Antes de conectá-los ao seu Raspberry Pi, meça as tensões de saída dos pinos Raspberry e GPIO, os diodos 1N4001 normalmente apresentam uma queda de tensão de cerca de 0,7V, mas esse diodo, sendo um diodo de uso geral, não é muito preciso. A tensão para o Pi não deve exceder 5V e para o pino GPIO não deve exceder os 3,3V.
Alterando esse esquema e usando um regulador de tensão LM317 (e fornecendo os valores corretos do resistor no pino ADJ, você pode conectar uma fonte de alimentação 'pronta para uso' novamente), mas isso requer mais componentes. Esta fonte de alimentação pronta para uso pode ser de 7,5V ou 9V.
O LM317 precisa de 2 capacitores que não estão neste esquema, verifique a folha de dados do LM317 para estes.