Bem, eu tive o mesmo problema e tive que descobrir que essa pergunta é bastante difícil.
Esta entrada de blog que apresenta a tela RPi oficial de 7 " explica algumas das palavras-chave mais importantes envolvidas (HDMI, DPI DSI, DBI).
Se o seu monitor precisar ser uma tela sensível ao toque, o primeiro aspecto importante é que (da minha pesquisa) apenas os displays conectados via porta DSI (J4) ou GPIO não precisarão de uma conexão de dados adicional para retransmitir a entrada de toque. Se o seu monitor estiver conectado via HDMI, será necessária uma conexão adicional (geralmente via USB) (e será necessário acessar as portas USB de fora se você não quiser soldar - isso pode entrar em conflito com a sua caixa). Você deve conseguir obter essas informações facilmente.
O próximo aspecto importante é que os monitores usando as portas GPIO geralmente precisam de drivers especiais (para serem instalados em um raspbian padrão ou entregues com um raspbian não padrão fornecido pelo fabricante do referido monitor). Isso complicou bastante as coisas, pois esses drivers podem ser mal documentados ou desatualizados rapidamente - até a próxima atualização do seu sistema operacional pode torná-los inúteis - para não falar de dificuldades em usar sistemas operacionais para os quais não há driver. Você deve encontrar os drivers e alguns comentários dos clientes on-line. Se você não conseguir encontrar os drivers (corretos) ou algum suporte com facilidade, provavelmente terá problemas ao usar os monitores depois de comprá-los.
Além disso, os monitores que usam as portas GPIO geralmente precisam fornecer uma quebra adicional do GPIO para que você possa usar algumas das portas GPIO para outra coisa. Essas informações devem ser obtidas olhando as imagens dos monitores (existe uma "saída" GPIO em algum lugar na parte traseira da tela?).
TFT, LCD (ou talvez até LED, oLED) são diferentes tecnologias para exibir coisas. Embora eles determinem a qualidade óptica e o consumo de energia, eu pessoalmente não me preocuparia muito com isso.
Mais importante - pelo menos na minha opinião - é a tecnologia de toque, que significa resistiva ou capacitiva. O primeiro deve ser usado com uma caneta e geralmente não pode ser usado com gestos ("multi-touch"); o último é o que os smartphones modernos usam.
E, finalmente, no que diz respeito à compatibilidade com o RPi3 (em oposição ao RPi B + por exemplo), o DSI e o HDMI devem sempre estar bem e, no GPIO, eu usaria as informações do fabricante (pois são eles que fornecem o firmware / drivers). Hardwarewise, não deve haver um problema.
Para se tornar um pouco mais específico, a única tela DSI que encontrei foi a tela oficial de 7 ". Funcionará sem nenhuma alteração no Raspbian (não conheço outros sistemas operacionais). Existem várias telas GPIO de que eu usaria os de fabricantes conhecidos vendidos nas principais lojas para evitar ficar preso aos tijolos (no meu departamento, temos vários displays que não podemos mais usar, porque são imitações baratas cujo firmware não está em lugar nenhum mais encontrado.). E com relação ao HDMI: como o HDMI e o dispositivo de toque (cujas informações estão sendo transmitidas por USB) são padronizados, não deve haver problema com nenhum dos principais sistemas operacionais.
Espero que isso responda a maioria das perguntas. Caso contrário, apenas esclareça sua pergunta nos comentários.