Jed Brown descreveu a abordagem tradicional usada na mesoescala e em modelos em larga escala. Na verdade, em microescala, muitos modelos atmosféricos estão muito próximos dos códigos CFD tradicionais, usam discretizações de volume finito semelhantes, grades 3D similares em que a vertical é tratada da mesma forma que a horizontal e assim por diante. Dependendo das resoluções, até recursos como edifícios são resolvidos com as mesmas abordagens conhecidas do CFD de engenharia, como os métodos de limite imerso ou as grades montadas na carroceria.
Você pode encontrar todas as técnicas de discretização que conhece do CFD de engenharia, como diferenças finitas, volumes finitos, elementos pseudo-espectrais e até finitos. Os mesmos métodos de correção de pressão (passo fracionário) são freqüentemente usados para resolver as equações incompressíveis de Navier-Stokes (com os termos Boussinesq ou anelástico para flutuabilidade).
Obviamente, diferentes parametrizações para os fluxos de calor e momento próximos à superfície são comumente usadas, levando em consideração as especificidades das interações terra-superfície, como a similaridade de Monin-Obukhov ou outras relações semi-empíricas.
Todo o método de simulação por grandes redemoinhos (LES), agora muito popular na engenharia, na verdade se origina na meteorologia da camada limite. Eu diria mesmo que muitos modeladores atmosféricos nessa escala não hesitariam em chamar o trabalho de CFD.
Em muitos aplicativos (mas não em todos), você também precisa adicionar a força Coriolis. Os esquemas não precisam ser bem equilibrados, no entanto, é apenas uma força de volume adicional. Se você também calcula processos como formação de nuvens, precipitação e radiação, as coisas ficam mais complicadas, mas o mesmo vale para modelos de engenharia que resolvem cinética de reação, combustão e similares.
Essa classe de modelos também inclui aqueles que representam as interações oceano-atmosfera solicitadas; veja, por exemplo, https://ams.confex.com/ams/pdfpapers/172658.pdf