Quais ferramentas de código aberto estão disponíveis para visualizar vibrações moleculares?

Eu gostaria de visualizar uma vibração molecular que não é um modo normal. Gostaria de apresentar uma representação estática e vetorial do movimento, e gostaria de ter alguma flexibilidade no estilo vetorial (tamanho, cor, etc.). Também estou interessado em produzir um vídeo da vibração.

Quais são alguns bons recursos para exibir vibrações moleculares?

Minha preferência é por ferramentas de código aberto, mas vou usar o software comercial, se realmente for melhor do que as alternativas.

O Pymol ou o VMD seria uma ferramenta adequada para suas necessidades de vídeo? (O VMD pelo menos inclui recursos de script Tk / Tcl.) Você precisaria de uma descrição semelhante à PDB da sua geometria para usar o VMD; isso provavelmente seria suficiente para o Pymol também (mas eu não usei o Pymol, então talvez alguém possa comentar sobre isso).

O jeito que eu faria provavelmente seria:

1. Coloque a geometria molecular em Avogadro
2. Configure a visualização para ser exatamente do jeito que eu quero
3. Exportar para POVRay , não renderizando, mas mantendo o arquivo de entrada
4. Descobrir qual átomo é qual no arquivo POVRay
5. Adicione vetores usando cilindros e cones (provavelmente usando uma macro para definir um vetor para torná-lo mais fácil e visualmente consistente)

O Avogadro também pode renderizar seqüências de entrada no formato XYZ para animações usando POVRay e ffmpeg, mas não é algo que eu tentei desde que estou usando o Windows no momento e o Avogadro não parece ter uma opção para especificar onde o executável do povray é se não estiver no seu caminho.

Novamente, dependendo de você ser um aficionado por Python ou não, você pode, alternativamente, definir as forças nos átomos usando o console Avogadro Python e, em seguida, usar a exibição do vetor de força em Avogadro, mas isso também não foi algo que eu tentei.

Não conheço nenhuma ferramenta perfeitamente conveniente que permita inserir parâmetros vibracionais diretamente e visualizá-los ou animá-los.

Existe um novo plugin VMD NMWiz que pode ser útil. NMWiz significa Assistente de modo normal, mas ajudará a visualizar qualquer vetor que descreva uma vibração. O NMWiz está disponível na versão mais recente do VMD, 1.9.1, que está testando agora.

O formato do arquivo de entrada para o NMWiz é simples, chamado NMD . Uma linha para coordenadas e outra para o seu vetor é suficiente. Você pode mostrar setas, redimensionar, redimensionar e colorir da maneira que desejar. Ele também pode gerar animações (vibrações) gerando uma trajetória instantânea e você pode fazer um filme de alta qualidade usando VMD.

Não conheço nenhuma ferramenta pronta ("aponte e clique") para essa tarefa. Mas usando uma combinação de

1. Um script Python curto
2. O Kit de Ferramentas de Modelagem Molecular
3. Quimera ou VMD

você pode obter um bom resultado rapidamente, considerando alguns conhecimentos em Python. De fato, um script muito semelhante é fornecido como exemplo no Molecular Modeling Toolkit. Veja Exemplos / Visualização / vector_field_chimera.py ou Exemplos / Visualização / vector_field_vmd.py. Você precisa substituir o cálculo do modo normal pelo que for necessário para inserir seus dados de vibração no script.

Você já olhou para Molekel ? Se você precisar apenas de superposições (não fracionárias) de vibrações, a Molekel deve atender às suas necessidades.

O NWChem inclui um script para transformar uma lista de coordenadas xyz em um filme. O NWChem é um OSS sob licença no estilo Apache, para que você possa reutilizar como quiser.

Para visualização de vibrações moleculares, utilizo Molden, ECCE, Avogadro e Jmol. Todos são OSS (ECCE é apenas recentemente). Você pode cortá-los para fazer o que quiser.