Penso que, em geral, vale lembrar que os métodos mais eficientes que temos (multigrid geométricos e algébricos e, até certo ponto, decomposição de domínio) dependem do fato de que as soluções de EDPs geralmente são suaves e que a solução de um problema mais grosseiro pode gerar uma boa aproximação para o problema de escala fina. O problema com a equação de Helmholtz para altas frequências é que essa suposição não é verdadeira: você precisa de uma malha relativamente fina para representar a solução, e os solucionadores de malha grossa não conseguirão produzir nada que seja de grande utilidade. Consequentemente, as abordagens típicas para bons pré-condicionadores não funcionam nesse caso, e essa é a razão subjacente pela qual não há boas opções reais no seu caso, além de apenas jogar muitos processadores no problema;