Muitas vezes, as equações a serem resolvidas representam uma lei de conservação física. Por exemplo, as equações de Euler para dinâmica de fluidos são representações de conservação de massa, momento e energia. Dado que a realidade subjacente que estamos modelando é conservadora, é vantajoso escolher métodos que também sejam conservadores
Você também pode ver algo semelhante com os campos eletromagnéticos. As leis de Maxwell incluem a condição livre de divergências para o campo magnético, mas essa equação nem sempre é usada para a evolução dos campos. Um método que conserva essa condição (por exemplo: transporte restrito) ajuda a corresponder à física da realidade.
Edit: @hardmath apontou que eu esqueci de abordar a parte "o que poderia dar errado" da pergunta (Obrigado!). A pergunta refere-se especificamente a engenheiros, mas darei alguns exemplos de meu próprio campo (astrofísica) e espero que eles ajudem a ilustrar as idéias o suficiente para generalizar o que pode dar errado em um aplicativo de engenharia.
(1) Ao simular uma supernova, você tem uma dinâmica de fluidos vinculada a uma rede de reação nuclear (e outra física, mas nós a ignoraremos). Muitas reações nucleares dependem fortemente da temperatura, que (para uma aproximação de primeira ordem) é uma medida da energia. Se você não economizar energia, sua temperatura será muito alta (nesse caso, suas reações correrão muito rápidas e você introduzirá muito mais energia e obterá uma fuga que não deveria existir) ou muito baixa (nesse caso, suas reações correr muito devagar e você não pode alimentar uma supernova).
(2) Ao simular estrelas binárias, é necessário reformular a equação do momento para conservar o momento angular. Se você não conservar o momento angular, suas estrelas não poderão orbitar-se corretamente. Se eles ganham impulso angular extra, eles se separam e param de interagir corretamente. Se o momento angular perde, eles colidem um com o outro. Problemas semelhantes ocorrem ao simular discos estelares. A conservação do momento (linear) é desejável, porque as leis da física conservam o momento linear, mas às vezes você precisa abandonar o momento linear e conservar o momento angular, porque isso é mais importante para o problema em questão.
Devo admitir que, apesar de citar a condição livre de divergência dos campos magnéticos, não sou tão experiente lá. A falha em manter a condição livre de divergência pode gerar monopólos magnéticos (dos quais não temos evidências atualmente), mas não tenho bons exemplos de problemas que possam causar em uma simulação.