Resposta curta
Aprenda sobre os conceitos básicos de código orientado a objetos por meio de python e aprenda sobre os conceitos básicos de ciência da computação em C. Quando você estiver pelo menos bem com as duas outras linguagens, aprenda C ++, porque você pode fazer praticamente qualquer coisa em C ++ e faça funcionar rapidamente (embora demore uma eternidade para escrever).
Resposta mais longa
Então, eis o seguinte: para o seu primeiro projeto, você estará no laboratório de alguém trabalhando no código de outra pessoa. Nesse caso, eles escolherão a linguagem de programação. O que eu pessoalmente acho ótimo!
Quero dizer, como iniciante, você realmente não vai conhecer o seu traseiro por um tempo e, especialmente quando você não sabe o que está fazendo, aprender a programar pode ser um empréstimo. Portanto, é bom ter a estrutura e os limites resultantes do trabalho no código de outra pessoa, e é bom ter a motivação e o entusiasmo que só podem resultar do trabalho em um projeto real.
Ainda assim, independentemente do idioma que seu laboratório usa (especialmente se for o Matlab), você provavelmente deve aprender python, C e C ++. Em particular, se você não é oriundo de ciência da computação, DEVE ler "The C Programming Language", de Kernighan e Ritchie. Tem 35 anos e dá a impressão distinta de que seus autores estavam programando em cartões perfurados, mas é o mais raro dos pássaros: um livro de ciência da computação atemporal. Isso tornará muitas coisas muito mais claras.