Locais para publicação de artigos que enfatizam o software

O software é uma parte fundamental da ciência computacional e é cada vez mais reconhecido como uma parte essencial do registro científico. Dado o valor de usar códigos existentes e bem testados, parece valer a pena comunicar a existência de códigos úteis o mais amplamente possível e creditar seus criadores. Em um ambiente acadêmico, isso significa publicar alguns trabalhos focados principalmente em software.

Onde se pode publicar trabalhos acadêmicos cujo foco principal é o software computacional? Para ser completamente claro, estou me referindo a trabalhos que podem não incluir nenhuma nova matemática, algoritmo etc. - eles estão realmente focados em software.

Eu também estaria interessado em ouvir daqueles que enviaram esses artigos para essas revistas, como foi a experiência e quais locais eles recomendam.

Resumo das respostas dadas:

• Transações em software matemático
• Programação Científica
• Seção de software do SIAM Journal on Scientific Computing (SISC)
• O Arquivo de Software Numérico
• Computação em pesquisa aberta
• Comunicações de Física de Computadores
• Avanços no software de engenharia
• Jornal do software estatístico
• Revista de Teoria Química e Computação
• Código Fonte de Biologia e Medicina
• PLoS ONE
• Revista Internacional de Química Quântica
• Epidemiologia
• Computação em Ciência e Engenharia
• Jornal de Química Computacional
• Desenvolvimento de Modelo Geocientífico
• Journal of Machine Learning Research
• Computação em Programação Matemática
• Revista de Software de Código Aberto
• SoftwareX

Existem outros periódicos específicos de aplicativos a serem listados: como o Journal of Computational Physics ou Computer Physics Communications , que aceitam artigos tanto sobre algoritmos quanto sobre o software usado para implementá-los. Se você está no campo da química, o Journal of Chemical Theory and Computation pode ser outro periódico a ser considerado. Tudo isso permite a publicação de pacotes - vi códigos que usei discutidos neles. Computadores e engenharia química permitem documentos de implementação de software, mas eles precisam fazer algo original - não pode ser um documento de "avanço incremental".

Os avanços no software de engenharia são bons e os aplicativos variam bastante.

O Journal of Statistical Software é outro que se concentra no software, mas é específico do aplicativo. Muito R neste.

Devo acrescentar que nunca publiquei nenhum deles, portanto não posso falar dessa experiência, mas os sigo e considero os artigos de boa qualidade.

Eu publiquei alguns papéis de software. Um deles estava no Código Fonte da BMC em Biologia e Medicina - o projeto de Imunologia de Sistemas em Múltiplas Escalas : software para simulação imunológica baseada em células e PLoS ONE - SNPpy - Gerenciamento de Banco de Dados para Dados SNP de Estudos de Associação do Genoma Amplo .

Estes são dois projetos muito diferentes. O primeiro é um sistema baseado em agente de simulação escrito para modelar sistemas de imunologia, portanto pertence à biologia computacional. O último é um sistema baseado em banco de dados para gerenciar dados SNP no contexto do GWAS, portanto pertence à bioinformática.

No que diz respeito à experiência editorial, o tempo de espera foi baixo em comparação com artigos matemáticos, o que foi bom. Os revisores não me deram dificuldades, o que também foi bom. No lado contrário, a publicação de um documento de software consome muito tempo. Você tem um documento mais uma base de código para lidar, sem mencionar a documentação do usuário.

Uma coisa que achei perturbadora foi que vi poucas evidências de que os revisores realmente fizeram um esforço para executar o software e nenhuma evidência de que entenderam o design do código ou até olharam para o código. Ambos os periódicos acima tinham dois relatórios de revisores cada. No primeiro caso (BMC), um revisor indicou que havia tentado instalar / executar o software e falhou (um problema que abordamos), mas das quatro revisões, essa foi a única que mencionou especificamente algo sobre o software real. A maioria dos comentários foi mais geral, sobre questões científicas e questões de endereçamento que fiz no artigo. No geral, tive a impressão de que os revisores acabaram de ler o artigo. Em um mundo ideal, um revisor também teria algum interesse no design do software e nos detalhes do código, incluindo questões como desempenho, dependências, portabilidade, extensibilidade e teste. Os revisores do SNPpy perguntaram sobre portabilidade e extensibilidade. como afirmei no artigo que o software era portátil e extensível, mas não acho que eles tenham realmente analisado o código. Para ser justo, ter uma idéia do que é uma base de código não trivial é um trabalho árduo, e talvez mais do que possa ser razoavelmente esperado de um revisor não remunerado.

Eu usei o LaTeX para ambos os papéis. No caso do PLoS, isso envolveu muito esforço para fazer com que o manuscrito tivesse a aparência que eles queriam, já que eles não usam o LaTeX e estavam executando algum programa de conversão. O PLoS fez uma bagunça em converter minhas figuras, que foram feitas usando o TikZ, e foram muito legais, mas você não saberia disso olhando para a versão deles. Também é importante notar que o PLoS não fornece provas de manuscrito.

O Journal of Computational Chemistry (Seção de artigos especiais) e o International Journal of Quantum Chemistry reportam sobre software e algoritmos.

Dois que ainda não vi nesta lista, que podem interessar a alguém além de mim em algum momento, são o American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Se você escreveu um software inteligente para realizar algo que os epidemiologistas se importam, eles podem muito bem publicá-lo. Vi artigos recentes, pelo menos breves, sobre as macros SAS para realizar análises estatísticas um pouco mais sofisticadas, um programa que executa regressão de ponto de junção e um que faz algumas coisas específicas de campo com gráficos acíclicos direcionados.

Acontece que uma das publicações mencionadas estava em Epidemiology : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Nenhum periódico que desconfio diz que está procurando artigos sobre software - sendo periódicos específicos de campo em uma disciplina que não é software, mas análises incluindo software não são incomuns e o link é um exemplo de artigo focado inteiramente em um produto de software.

AJE:

Os artigos que tratam da aplicação prática de métodos epidemiológicos ou estatísticos (como a implementação de técnicas estatísticas ou a avaliação de estratégias de entrevistas) são publicados em uma seção intitulada Practice of Epidemiology.

Epidemiologia: O artigo acima foi publicado como uma carta. Eles também aceitam análises de software, se você tiver um colega amigável ou alguém da área que possa estar interessado.

Eu sei que eles incentivam suplementos eletrônicos com código, e eu tive algo pelo menos revisado lá com um link para um repositório do Github.

O Geocientific Model Development é um periódico de acesso aberto para essa finalidade. Como outras revistas da União Geofísica Européia, ele possui um processo aberto de revisão .

O Journal of Machine Learning Research (JMLR) possui uma faixa 'Machine Learning Open Source Software'. É bastante seletivo (o que eu acho uma coisa boa). A revista é totalmente gratuita (para autores e leitores) e dirigida por voluntários.

A Sociedade de Otimização matemática lançou recentemente o Journal

Computação em Programação Matemática

Dos seus "Objetivos e Escopo":

A Computação em Programação Matemática (MPC) publica artigos de pesquisa originais que cobrem questões computacionais em otimização matemática. Os artigos relatam software inovador, testes comparativos, ambientes de modelagem, bibliotecas de dados e / ou aplicativos. Uma característica principal da revista é a inclusão de software e dados que os acompanham nos manuscritos enviados.

Sobre os tópicos, eles escrevem:

Os tópicos abordados no MPC incluem programação linear, otimização convexa, otimização não linear, otimização estocástica, otimização robusta, programação inteira, otimização combinatória, otimização global, algoritmos de rede e linguagens de modelagem.

Computar em Ciência e Engenharia é outra opção. É um híbrido de uma revista científica (com artigos de referência) e uma revista (com colunas regulares não referenciadas). Publica artigos que seus leitores provavelmente acharão interessantes. Um artigo sobre software deve, portanto, conter algum material interessante, por exemplo, sobre técnicas específicas usadas, úteis para um público mais amplo do que o próprio software.

Talvez eu deva acrescentar que sou membro do conselho editorial desta revista.

A programação científica é uma opção que permite um foco nas técnicas de programação empregadas na escrita de software científico. (Divulgação: Estou no Conselho Consultivo Editorial.)

Existem alguns diários específicos de aplicativos

Computadores e geociência, Computadores e fluidos, Computadores e estruturas,

etc.