Se você quer algo de código aberto, provavelmente deseja experimentar o código CBC do COIN (eles também têm alguns outros solucionadores MILP, como uma estrutura de filiais e preços, ou SYMPHONY).
Gurobi e CPLEX serão consideravelmente mais rápidos e, na reunião INFORMS de 2011 ou 2012, Gurobi era mais rápido que o CPLEX (embora as métricas de desempenho sejam, obviamente, dependentes de problemas). Nas MILPs resolvidas em minha tese, Gurobi era aproximadamente 15-100 vezes mais rápido que o CBC, e o CPLEX era quase tão rápido quanto Gurobi, mas muito mais lento (como 12-80 vezes mais rápido).
Embora o pior desempenho seja realmente exponencial, o tempo de execução dependerá muito da estrutura do problema. É improvável que você consiga resolver um MILP com milhões de variáveis, a menos que explore uma estrutura especial (talvez se seja um programa estocástico que possa ser decomposto em muitos problemas muito menores), mas é inteiramente possível resolver MILPs não triviais com milhares de variáveis em menos de um minuto. (Obviamente, também é possível que esses problemas levem uma hora ou mais para serem resolvidos.)
Como observa Brian Borchers, o CPLEX e o Gurobi têm licenças gratuitas disponíveis para alguns pesquisadores, um desses dois pacotes de software seria realmente o melhor para usar como um solucionador MILP de uso geral.