Depende do cliente - de particular relevância para quem executa uma loja do Windows é o fato de o Vista \ Windows Server 2008 escolher o endereço usando um mecanismo diferente (se a pilha do ipv6 estiver instalada) para versões anteriores do Windows que escolheriam o primeiro endereço . Em muitos casos, isso significa que eles sempre escolherão o mesmo, ou seja, não "honrarão" as respostas de rodízio de DNS da mesma maneira que nas versões anteriores. Há uma explicação detalhada disso neste artigo do blog da technet .
O artigo vinculado indica que o Windows 7 e o Server 2008 R2 alteram esse comportamento padrão novamente, mas não consigo encontrar nada para fazer o backup.
Também vale a pena ressaltar que esse é o comportamento compatível com os padrões do ipv6, até onde eu sei, embora eu ficaria muito feliz em descobrir que estava errado.