Sim, depende do uso e do sistema de armazenamento subjacente. Alguns sistemas, como arrays de disco baseados em SAN de ponta, riem da fragmentação de arquivos, fazendo com que o único impacto da fragmentação no sistema seja a sobrecarga do SO ao espalhar as coisas por toda parte. Outros sistemas, como laptop, unidades são outra história todos juntos. E isso não entra em sistemas de arquivos mais novos, como o ZFS, onde o conceito de um limite rígido para o espaço é nebuloso, na melhor das hipóteses.
NTFS é seu próprio animal, é claro. Atualmente, dou a C: \ um tamanho total de 15 GB para sistemas XP e não brinquei com o Vista / Win7 o suficiente para saber o que recomendar lá. Você realmente não quer ficar muito abaixo de um GB grátis em C :. Usar Cópias de Sombra significa que você deve manter mais espaço 'vazio' do que você faria, e eu diria que 20% de espaço livre é o marcador para quando mais precisar ser adicionado ou ocorrer uma limpeza.
Para volumes de dados NTFS antigos simples, fico preocupado quando fica abaixo de 15%. No entanto, se a unidade for de 1 TB, 15% ainda será muito espaço para trabalhar e alocar novos arquivos (o inverso é que leva muito mais tempo para desfragmentar).