Não sei muito sobre o tempo do Windows, mas na última vez que verifiquei, o Windows não usa o algoritmo NTP "completo". Eu acredito que ele usa o SNTP (Simple Network Time Protocol), menos complicado.
Um cliente NTP (em execução) corretamente em execução decidirá por si próprio com que frequência pesquisar os servidores que você configurou. Inicialmente, provavelmente irá verificar a cada 64 segundos, mas depois que o relógio estiver estabilizado, a pesquisa poderá ser a cada 1024s (há uma duplicação no algoritmo a cada passo).
Se o algoritmo detectar algo instável com o relógio, ele começará a pesquisar automaticamente com mais frequência, conforme necessário.
O W32Time pode atingir apenas uma precisão de 1-2 segundos (bom o suficiente para a maioria dos usos de pedestres), enquanto o algoritmo NTP completo pode chegar à área de milissegundos em uma WAN e ainda mais preciso nas LANs.
Se você precisar absolutamente de tempo preciso, use a implementação completa do NTP.org e use pelo menos quatro servidores.