Encontrei uma página VS nos dois, aqui está um pequeno recorte:
"Estabilidade
Em agosto de 2009, o lighttpd ainda apresentava problemas de vazamento de memória não resolvidos relatados há 3 anos. Um problema com o Lighty é que ele vaza a memória como uma peneira. Eu o auditei um pouco e desisti, é uma bagunça. Eu evitaria isso, isso arruinará o seu dia rapidamente se você jogar muito tráfego nele. "
Fonte: http://www.wikivs.com/wiki/Lighttpd_vs_nginx
Honestamente, eu não usei o nginx, então não posso falar por experiência própria. Eu usei principalmente o apache no meu servidor web, mas tenho um em casa que usa o lighttpd. Ele serve apenas uma pequena página somente em html e é acessível apenas por VPN, por isso é mais um portal de informações quando alguém está conectado remotamente.
Quando eu descer a cabeça e começar a experimentar aplicativos novos e atualizados do lado do servidor, provavelmente jogarei com o nginx. No final do dia, a escolha é sua, mas, dependendo se for para um ambiente de produção, eu pesquisaria os dois antes de me comprometer.