A perda / velocidade de desempenho depende muito da qualidade do roteador usado.
Quanto à boa / má ideia, sou contra quando é possível simplesmente usar o roteamento; no entanto, isso realmente depende do ambiente e do que você está tentando realizar.
Se as máquinas precisarem executar apenas algumas coisas que são compartilhadas em portas padrão, você poderá acessar o dispositivo roteador / nat nat e definir uma regra para permitir o que deseja (1). No entanto, se você realizar várias tarefas de dispositivo para dispositivo, será muito mais fácil ter uma rota adequada, com cada máquina tendo seu próprio IP exclusivo (2).
(1) Por exemplo, um para muitos - uma máquina possui um servidor da Web e você deseja compartilhá-lo com outras - você definiria uma regra no roteador para a porta 80 da máquina e, em seguida, qualquer máquina da rede externa (ou interna) se o nat-loopback estiver ativado) pode simplesmente ir para http: //router.ip e acessar.
(2) Se, no entanto, todas as máquinas tiverem um servidor da Web ou você estiver usando muitos serviços, terá um pesadelo ao configurar todas as regras (mas não é impossível).
Quanto ao seu cenário - se um departamento estiver usando 192.168.xx e o outro 192.168.yx, eu examinaria os dispositivos e, se não houver sobreposições, talvez seja possível alterar a sub-rede de / 24 para / 16 (ou ao contrário), substitua os roteadores por switches / ou similares e não perca serviços.
É realmente difícil ajudar sem saber mais sobre sua rede, não há nada de "errado" com o NAT duplo, desde que esteja configurado corretamente. No entanto, a menos que você realmente precise, ou haja uma boa razão para isso, eu gostaria de migrar para longe, se puder (opinião pessoal)
@iamrohitbanga - Em resposta às suas perguntas (muito para comentários).
A comparação é difícil - o roteamento funciona bem para redes privadas, nas quais todas as máquinas podem acessar todas as máquinas. O Nat funciona bem, mas é usado principalmente para redes que não precisam de roteamento, pois geralmente é necessário configurar manualmente as regras / rotas de entrada.
Por exemplo, se você tiver uma conexão com a Internet e desativar o NAT, configure manualmente as rotas ou o modo de ponte - sua máquina estará diretamente na Internet - todas as portas estarão acessíveis e qualquer máquina poderá fazer o que quiser.
Se você tem um roteador por outro lado com NAT, ele pega o IP externo e fornece "Nat-ed?" (não tenho certeza da terminologia ...) internet - todas as máquinas internas têm um IP não acessível pela internet, mas você pode configurar regras manuais - por exemplo, porta 80 para uma máquina ... Funciona muito bem para conexões de saída (firewall regras permitem), mas pode ser um pesadelo para configurar regras de entrada se você hospedar muitos serviços ... e se você fizer algo que exija portas dinâmicas (ftp, Windows AD etc.), pode ser um pesadelo.
Espero que isso ajude, se você quiser saber mais alguma coisa, não hesite em perguntar.